Ένα θέμα που έχει κατά κόρο απασχολήσει τους διαφόρους μελετητές της περιώνυμης μάχης του Μαραθώνα, εδώ και αιώνες, αφορά την παρουσία και τη δράση του περσικού ιππικού στη μάχη του Μαραθώνα. Επί του συγκεκριμένου αντικειμένου πολλά έχουν λεχθεί, από το ότι οι Πέρσες δεν είχαν καν ιππικό, μέχρι ότι οι Έλληνες βοηθήθηκαν από κάποιες «μυστικές» δυνάμεις (ομάδα Ε και άλλα φαιδρά).
Η πρώτη άποψη ευκόλως καταρρίπτεται διότι ποτέ στην ιστορία των πολέμων οι Πέρσες δεν πολέμησαν χωρίς ιππικό. Η θεωρία επίσης που θέλει τους Έλληνες να εμπλέκονται στον Μαραθώνα μόνο με την περσική οπισθοφυλακή, επίσης δεν φαίνεται να ευσταθεί. Όσον αφορά τις απόψεις τις σχετικές την μυστικιστική επίκληση «μυστικών» ομάδων από τα άστρα ή από τις στοές και τις οπές του εδάφους, αυτές είναι ασόβαρες και παντελώς ατεκμηρίωτες.
Επιπλέον, βλάπτουν εφόσον αποδίδουν την ελληνική νίκη σε κάτι ή κάποιον πέραν των ιδίων των Μαραθωνομάχων. Και όμως είναι τόσο απλό. Το μόνο «μυστικό» όπλο των αρχαίων Ελλήνων ήταν η κοινή λογική, η οποία τείνει δυστυχώς να εκλείψει στις μέρες μας. Αποτελεί λοιπόν τουλάχιστον ασέβεια στην ηρωική του μνήμη η αμαύρωση της περιφανούς νίκης του από ανόητες και δυστυχώς αργυρώνητες θεωρίες.
Το ιππικό αποτελούσε πράγματι το επίλεκτο όπλο των Περσών. Το ίδιο όμως υπόκειται σε ορισμένους περιορισμούς. Το ιππικό δεν μπορούσε να παραμείνει σε θέσεις μάχης για απεριόριστο χρόνο. Οι ίπποι επίσης χρειάζονταν καθημερινή περιποίηση. Τις νύκτες επίσης οι ίπποι έπρεπε να δένονται από τα πόδια, ώστε να μην μπορούν να φύγουν, ακόμη και αν πανικοβληθούν. Οι Πέρσες φοβούνταν, δικαίως, ότι ήταν δυνατό κάποιος Έλληνας να διεισδύσει νύκτα στο στρατόπεδο τους και να τρομάξει τους ίππους, ανάβοντας για παράδειγμα φωτιά κοντά τους.
Τα ζώα λειτουργούν με το ένστικτο της αυτοσυντηρήσεως. Αν λοιπόν δεν ήσαν καλά δεμένα θα τρέπονταν σε φυγή. Από την άλλη πλευρά όμως το δέσιμο των ίππων στερούσε από τους Πέρσες ιππείς πολύτιμο χρόνο ετοιμότητας. Ένας ιππέας χρειαζόταν ούτως ή άλλως διπλάσιο χρόνο προετοιμασίας πριν τη μάχη από έναν πεζό. Ο χρόνος αυτός τώρα αυξάνονταν. Υπό φυσιολογικές συνθήκες το γεγονός αυτό δεν θα είχε καταστροφικές συνέπειες. Τι θα γινόταν όμως εάν οι Έλληνες εξαπέλυαν αιφνιδιαστική επίθεση; Θα προλάβαιναν οι εκλεκτοί Πέρσες ιππείς να ετοιμαστούν και να λάβουν μέρος στη μάχη;